Delibera del Direttore Generale n. 376 del 14-06-2019

AZIENDA OSPEDALIERO UNIVERSITARIA XXXXX

Delibera del Direttore Generale n. 376 del 14-06-2019

Proposta n. 679 del 2019

Oggetto: APPROVAZIONE SCHEMA ACCORDO DI COLLABORAZIONE SCIENTIFICA DA STIPULARE CON IL DIPARTIMENTO DI BIOTECNOLOGIE DELL’UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI VERONA PER LA REALIZZAZIONE CONGIUNTA DEL PROGETTO DI RICERCA DENOMINATO “INDIVIDUAZIONE E CARATTERIZZAZIONE DI VARIANTI PATOGENETICHE IN PATOLOGIE DI INTERESSE NEUROLOGICO”.

Dirigente: XXXXXXX XXXXX XXXXXXXX

Struttura Dirigente: AFFARI GENERALI E SVILUPPO

Delibera del Direttore Generale n. 376 firmata digitalmente il 14-06-2019

AZIENDA OSPEDALIERO-UNIVERSITARIA XXXXX

(Art. 33 L.R.T. 24 febbraio 2005 n. 40)

Xxxxx Xxxxxxxxxx, 00 - 00000 XXXXXXX

C.F. P.Iva 02175680483

DELIBERAZIONE DEL DIRETTORE GENERALE

Oggetto	Accordo di collaborazione
Contenuto	APPROVAZIONE SCHEMA ACCORDO DI COLLABORAZIONE SCIENTIFICA DA STIPULARE CON IL DIPARTIMENTO DI BIOTECNOLOGIE DELL’UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI VERONA PER LA REALIZZAZIONE CONGIUNTA DEL PROGETTO DI RICERCA DENOMINATO “INDIVIDUAZIONE E CARATTERIZZAZIONE DI VARIANTI PATOGENETICHE IN PATOLOGIE DI INTERESSE NEUROLOGICO”.

Area Tecnico Xxx.xx	AREA TECNICO AMMINISTRATIVA
Coord. Area Tecnico Xxx.xx	XXXX XXXXX
Struttura	AFFARI GENERALI E SVILUPPO
Direttore della Struttura	XXXXXXX XXXXX XXXXXXXX
Responsabile del procedimento	XXXXXXX XXXXXX
Immediatamente Esecutiva	NO

Spesa prevista	Conto Economico	Codice Conto	Anno Bilancio
288.000,00	Prest. spec. diagnostiche da sogg. pubbl. extra RT	4202240060	2019
288.000,00	Prest. spec. diagnostiche da sogg. pubbl. extra RT	4202240060	2020

Estremi relativi ai principali documenti contenuti nel fascicolo
Allegato	N° di pag.	Oggetto
1	2	Relazione predisposta dal Direttore del Centro di Eccellenza di Neuroscienze
2	13	Accordo di collaborazione scientifica
3	2	Nota del Dipartimento di Biotecnologie Università di Verona

IL DIRETTORE GENERALE

Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxx (D.P.G.R.T. n. 156 del 31 agosto 2015)

Visto il D. Lgs.vo 30/12/1992 n. 502 e sue successive modifiche ed integrazioni e la L. R. Toscana n. 40 del 24/02/2005 e s.m.i. di disciplina del Servizio Sanitario Regionale;

Dato atto:

- che con deliberazione del Direttore Generale n. 133 del 29.12.2015 è stato approvato il nuovo Atto Aziendale dell’A.O.U. Xxxxx, ai sensi dell’art. 6 del Protocollo d’intesa del 22.04.2002 fra Regione Toscana e Università degli Studi di Firenze, Siena e Pisa, con decorrenza dal 1.1.2016;

- che con deliberazione del Direttore Generale n. 134 del 30.12.2015 si è provveduto a definire l’organigramma complessivo dell’A.O.U. Xxxxx e sono stati assunti i primi provvedimenti attuativi relativi al conferimento degli incarichi di direzione delle strutture Dipartimentali e/o a valenza dipartimentale, delle Aree Funzionali Omogenee, dell’Area Servizi dell’Ospedale, dell’Area delle Professioni Sanitarie e dell’Area Tecnico Amministrativa;

- che con deliberazione del Direttore Generale n. 140 del 30.12.2015 sono state assunte determinazioni attuative del nuovo Atto aziendale in merito alla conferma/riassetto delle strutture organizzative complesse e semplici;

- che con deliberazione del Direttore Generale n. 492 del 2.12.2016 si è provveduto ad approvare la sistematizzazione della organizzazione aziendale, dopo un primo percorso attuativo dello Statuto Aziendale;

- che con deliberazione del Direttore Generale n. 543 del 29.12.2016 sono state assunte determinazioni volte al conferimento degli incarichi delle Strutture Complesse dell’Area Tecnico Amministrativa, così come rimodulate a seguito delle azioni di attualizzazione dell’organizzazione aziendale;

- che con successiva deliberazione del Direttore Generale n. 173 del 05.04.2018 si è altresì provveduto ad ulteriori azioni di sistematizzazione dell’organizzazione aziendale ed all’integrazione dell’art. 63 dell’Atto Aziendale “Promozione della salute nella comunità”;

Su proposta del Responsabile della S.O.C Affari Generali e Sviluppo, Dr.ssa Xxxxx Xxxxxxxx Xxxxxxx la quale, con riferimento alla presente procedura, ne attesta la regolarità amministrativa e la legittimità dell’atto;

Premesso:

- che l’AOU Xxxxx, è dotato di un Laboratorio di Neurogenetica che si occupa di identificare le cause genetico-molecolari delle principali forme di sindromi epilettiche e di malformazioni dello sviluppo cerebrale; in particolare il Laboratorio effettua la ricerca di mutazioni, delezioni e duplicazioni mediante sequenziamento di nuova generazione (Next Generation Sequencing) nei geni coinvolti in queste patologie di interesse neurologico;

- che il Dipartimento di Biotecnologie dell’Università degli Studi di Verona rappresenta un qualificato polo di formazione e ricerca con competenza specifica nello svolgimento di attività di sequenziamento e caratterizzazione funzionale dei genomi, implementando le più avanzate tecnologie di sequenziamento del DNA;

˗ che presso il Dipartimento suddetto opera un gruppo di docenti e ricercatori altamente qualificato in tale settore che ha dato vita al Centro di Genomica Funzionale, struttura dipartimentale in possesso di strumentazione di elevata complessità, quali sequenziatori “Next-Generation-Sequencing” HiSeq1000 e NextSeq500 (Illumina), che implementano la tecnologia di riferimento nel campo della genomica, ed avanzati dispositivi per l’analisi del DNA e la preparazione delle librerie necessarie al sequenziamento, quali Bioanalyzer, TapeStation, Covaris, nanodrop, PippinPrep, RealTime PCR;

- che, pertanto, esiste un mutuo interesse istituzionale nell’agevolare e favorire la cooperazione, gli scambi scientifici e tecnologici al fine di qualificare l’attività di entrambi gli Enti;

Ricordato:

- che, in data 29 giugno 2016, è stata sottoscritta una convenzione quadro con il Dipartimento di Biotecnologie dell’Università degli Studi di Verona volta ad avviare un rapporto di collaborazione scientifica nell'ambito della genetica applicata allo studio delle basi patogenetiche e fisiopatologiche di differenti malattie genetiche, in diversi ambiti specialistici, in funzione dell'identificazione di nuovi approcci diagnostici e/o terapeutici, con decorrenza dalla data di sottoscrizione e fino al 31/12/2018;

- che, al fine di rendere operativa la collaborazione tra le parti, con successive deliberazioni del Direttore Generale n. 184 del 13.04.2017 e n. 144 del 22.03.2018 sono stati approvati due atti aggiuntivi alla suddetta convenzione quadro diretti a regolamentare le modalità di realizzazione di progetti di ricerca per il sequenziamento esomico in pazienti con patologie di interesse neurologico;

Preso atto della relazione del 12 marzo u.s., che quale allegato 1 è unito al presente provvedimento a formarne parte integrante e sostanziale, con la quale il Direttore del Centro di Eccellenza di Neuroscienze, Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx, evidenziando che il Laboratorio di Neurogenetica di questa Azienda garantisce la produzione di esomi in un limitato numero di pazienti e che, dato l’aumento di richieste pervenute in gran parte da Centri extra-regionali, detto Laboratorio non è in grado di garantire tempi di analisi rapidi, con conseguente ritardo nell’erogazione dei referti, propone di attivare un nuovo rapporto di collaborazione con il Centro di Genomica Funzionale – Dipartimento di Biotecnologie dell’Università degli Studi di Verona, per l’esecuzione dell’analisi degli esomi, che, grazie a strumentazione di ultima generazione e personale altamente preparato, esegue tale procedura diagnostica in tempi rapidi e con costi contenuti;

Dato atto che, in accordo con il suddetto Dipartimento, è stato definito il programma di ricerca, denominato “Ampliamento della casistica e delle analisi per l’individuazione e caratterizzazione di varianti patogenetiche in patologie di interesse neurologico”, da realizzarsi congiuntamente, mettendo a disposizione, ciascuna per la sua parte, le conoscenze e le tecnologie necessarie alla realizzazione dell’attività oggetto della ricerca stessa, da formalizzarsi in un apposito accordo;

Ritenuto pertanto, formalizzare tale collaborazione stipulando con il Dipartimento di Biotecnologie dell’Università degli Studi di Verona un accordo di collaborazione scientifica diretto alla regolamentazione delle modalità operative ed economiche inerenti la realizzazione del suddetto programma di ricerca, secondo lo schema allegato 2 al presente provvedimento a formarne parte integrante e sostanziale;

Dato atto che, come si evince dalla relazione predisposta dal Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx, sopra richiamata, tutti i campioni relativi all’analisi di esoma su un trio (campione del paziente più i due campioni dei genitori) sono corredati da 2 impegnative regionali e che pertanto l’importo complessivo sostenuto dall’AOU Meyer derivante dall’accordo di collaborazione in oggetto è interamente coperto dalle relative tariffe per ciascun esame;

Preso atto della nota, acquisita al protocollo di questa Azienda al n. 3524/19 del 18.04.2019, allegato 3 al presente provvedimento quale parte interante e sostanziale, con la quale, il Direttore del Centro di Genomica Funzionale afferente al Dipartimento sopra citato, comunica che, trattandosi di analisi relative a progetti scientifici realizzati in collaborazione tra i due Enti, e in considerazione dell’elevato numero di analisi previste, i costi applicati per tali analisi, nell’ambito dell’accordo sopra indicato, sono stati ulteriormente scontati del 37% rispetto al tariffario normalmente adottato dal predetto Centro;

Stimata in € 576.000,00 la spesa complessiva necessaria per la collaborazione di cui trattasi, da imputarsi secondo quanto esposto in parte dispositiva;

Dato atto che le prestazioni in oggetto sono finalizzate alle attività di diagnosi e cura del paziente e pertanto sono esenti IVA;

Dato atto che il costo derivante dal presente atto, con specifico riferimento al relativo fattore produttivo, è stato previsto dal Responsabile del Procedimento anche con il supporto del Gestore dei Fabbisogni nelle stime contenute nei modelli CE aziendali e recepito in sede del Gruppo Monitoraggio Conto Economico (GMCE) istituito con Deliberazione del Direttore Generale n. 141 del 22.03.2018 ad oggetto "Strumenti di controllo interno sulla gestione aziendale" e nominato con lettera del Direttore Amministrativo prot. n. 4132 del 05.06.2018;

Considerato che il Responsabile del Procedimento, individuato ai sensi della Legge n. 241/1990 nella persona della Dr.ssa Xxxxxx Xxxxxxx sottoscrivendo l’atto attesta che lo stesso, a seguito dell’istruttoria effettuata, nella forma e nella sostanza è legittimo;

Acquisito il parere del Coordinatore dell’Area Tecnico Amministrativa, Dr.ssa Xxxxx Xxxx, espresso mediante sottoscrizione del presente atto;

Con la sottoscrizione del Direttore Sanitario e del Direttore Amministrativo, per quanto di competenza, ai sensi dell’art. 3 del Decreto legislativo n. 229/99;

DELIBERA

Per quanto esposto in narrativa che espressamente si richiama,

1) Di prendere atto della relazione del 12 marzo u.s. predisposta dal Direttore del Centro di Eccellenza di Neuroscienze, Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx, allegato 1 al presente atto per formarne parte integrante e sostanziale, in ordine alla necessità di avvalersi del Centro di Genomica Funzionale afferente al Dipartimento di Biotecnologie dell’Università degli Studi di Verona, per l’esecuzione di indagini genetiche a fini diagnostici e per attività di ricerca.

2) Di approvare lo schema dell’accordo di collaborazione scientifica da stipulare con il Dipartimento di Biotecnologie dell’Università degli Studi di Verona, allegato 2 al presente provvedimento a formarne parte integrante e sostanziale, diretto alla regolamentazione delle modalità operative ed economiche inerenti la realizzazione del progetto di ricerca denominato “Ampliamento della casistica e delle analisi per l’individuazione e caratterizzazione di varianti patogenetiche in patologie di interesse neurologico”.

3) Di dare atto che l’importo complessivo sostenuto dall’AOU Meyer è interamente coperto dalle tariffe per ciascun esame, e che i costi applicati per tali analisi sono stati ulteriormente scontati del 37% rispetto al tariffario normalmente adottato dal predetto Centro di Genomica Funzionale, come si evince dalla nota di cui all’Allegato 3 al presente atto, per formarne parte integrante e sostanziale.

4) Di imputare la spesa complessiva di € 576.000,00 come di seguito indicato:

- € 288.000,00 al Bilancio 2019 CNRI 4202240060/ASP/D*19. F.P. N02060201 CdC 5220;

- € 288.000,00 al Bilancio 2020 CNRI 4202240060/ASP/D*19..................... F.P. N02060201 CdC 5220.

5) Di trasmettere il presente atto al Collegio Sindacale ai sensi dell’art. 42, comma 2, della L. R. Toscana

n. 40/2005 contemporaneamente all’inoltro all’albo di pubblicità degli atti di questa A.O.U. Xxxxx.

IL DIRETTORE GENERALE
(Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxx)
IL DIRETTORE SANITARIO	IL DIRETTORE AMMINISTRATIVO
(Dr.ssa Xxxxxxxxx Xxxxxxx)	(Dr. Xxxx Xxxxx)

ALLEGATO 2

ACCORDO DI COLLABORAZIONE SCIENTIFICA TRA

Il DIPARTIMENTO di BIOTECNOLOGIE DELL’UNIVERSITÀ degli STUDI di VERONA, (di seguito indicato il Dipartimento), C.F. 93009870234 e P.IVA 01541040232, con sede in Xxxxxx, Xxxxxx Xx Xxxxxx, 00, rappresentato dalla Direttrice Prof.ssa Xxxxx Xxxxxxxx domiciliata per la carica presso la sede del Dipartimento medesimo, autorizzata alla stipula del presente atto con decreto direttoriale prot. n° del

…..rep… /2019

E

L’AZIENDA OSPEDALIERO UNIVERSITARIA XXXXX di Firenze (di seguito indicata “Meyer”) con sede legale in Firenze, Viale X. Xxxxxxxxxx, n. 24, Codice Fiscale e P.IVA 02175680483, nella persona del suo Direttore Generale Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxx nato a Montevarchi (AR) il 26.09.1965, domiciliato per la carica presso la sede dell’Azienda

PREMESSO CHE

˗ Il Dipartimento partecipa ad accordi di programma con soggetti pubblici per la realizzazione di azioni di interesse comune nei settori relativi alle proprie finalità istituzionali;

˗ tra le finalità istituzionali del Dipartimento rientra la terza missione ovvero favorire l’applicazione diretta, la valorizzazione e l’impiego delle conoscenze per contribuire allo sviluppo sociale, culturale ed economico della Società;

˗ il Dipartimento rappresenta un qualificato polo di formazione e ricerca con competenza specifica nello svolgimento di attività di sequenziamento e caratterizzazione funzionale dei genomi, implementando le più avanzate tecnologie di sequenziamento del DNA;

˗ presso il Dipartimento opera un gruppo di docenti e ricercatori altamente qualificato in tale settore che ha dato vita al Laboratorio di Genomica Funzionale, struttura dipartimentale in possesso di strumentazione di elevata complessità, quali sequenziatori “Next-Generation-Sequencing” HiSeq1000 e NextSeq500 (Illumina), che implementano la tecnologia di riferimento nel campo della genomica, ed avanzati dispositivi per l’analisi del DNA e la preparazione delle librerie necessarie al sequenziamento, quali Bioanalyzer, TapeStation, Covaris, nanodrop, PippinPrep, RealTime PCR. Inoltre ha accesso a risorse computazionali ad elevate prestazioni dotate di sistema centrale di “storage” ad ampia capienza (circa 1 PByte) e high- performance computing (HPC) con nodi dotati di memoria e potenza di calcolo adeguati per condurre studi quali l’analisi e la ricostruzione di dati genomici su larga scala;

˗ il MEYER, è dotato di un Laboratorio di Neurogenetica che si occupa di identificare le cause genetico- molecolari delle principali forme di sindromi epilettiche e di malformazioni dello sviluppo cerebrale; in particolare il Laboratorio effettua la ricerca di mutazioni, delezioni e duplicazioni nei geni coinvolti in queste patologie di interesse neurologico;

˗ è interesse del Dipartimento e xxx Xxxxx realizzare in collaborazione un progetto scientifico specificatamente rivolto allo studio e all’analisi dei pazienti affetti da patologie neurologiche, al fine di identificare nuove varianti somatiche o germinali causative della patologia.

TUTTO CIÒ PREMESSO SI CONVIENE E STIPULA QUANTO SEGUE

Art. 1 – Premesse

Le premesse sono parte integrante dell’accordo.

Art. 2 – Oggetto

Le parti si impegnano a realizzare congiuntamente il progetto di ricerca denominato “Individuazione e caratterizzazione di varianti patogenetiche in patologie di interesse neurologico”, allegato al presente accordo a farne parte integrante.

Il Progetto si pone l’obiettivo di identificare le varianti causative in pazienti affetti da patologie neurologiche quali l’epilessia, le malformazioni cerebrali e le disabilità intellettive e la loro correlazione con il sottotipo di patologia, mediante l’analisi dell’esoma.

Art. 3 – Responsabili scientifici

Vengono designati quali responsabili scientifici:

- per il Dipartimento: Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx, ordinario per il settore scientifico disciplinare BIO/18, nonché Direttore del Centro di Genomica Funzionale;

- per il MEYER: Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx, Professore Ordinario di Neuropsichiatria Infantile all’Università di Firenze, nonché Direttore del Centro di Eccellenza di Neuroscienze dell’AOU Meyer.

Art. 4 – Oneri

Ciascuna parte si assume i rispettivi oneri nascenti nell’ambito del presente accordo.

Tuttavia le Parti concordano che, in considerazione dei rilevanti costi dei materiali per l’effettuazione del sequenziamento massivo del DNA, il MEYER si impegna a coprire i costi che il Dipartimento dovrà sostenere per i reagenti ed il personale (assegni di ricerca e borse di studio), mediante l’erogazione di un contributo pari a € 576.000,00 da corrispondere secondo le seguenti modalità:

- il 30% dell’ammontare totale pari a € 172.800,00 al momento della sottoscrizione;

- il 35% dell’ammontare totale pari a € 201.600,00 trascorsi 6 mesi;

- il restante 35% dell’ammontare totale pari a € 201.600,00 alla scadenza dell’accordo di collaborazione.

Art. 5 - Durata

Il presente accordo di collaborazione avrà durata di dodici mesi a decorrere dalla data della sottoscrizione.

Articolo 6 - Proprietà intellettuale

Xxxxxxxx parte rimane proprietaria di tutte le conoscenze e di tutta la proprietà intellettuale acquisite anteriormente all’entrata in vigore del presente accordo e rimane libera di utilizzarle o rivelarle a sua sola discrezione. Nulla in questo accordo è interpretabile quale concessione o trasferimento – in forma espressa o

implicita – di qualsivoglia diritto, titolo o interesse per licenza, come pure di qualsiasi conoscenza o proprietà intellettuale di una parte, sviluppata al di fuori di ogni eventuale accordo particolare, sia che questo avvenga prima, durante o dopo tale accordo.

Tutti i dati relativi ai pazienti e i dati clinici sono di proprietà del MEYER.

La proprietà dei risultati scientifici delle attività di cui all’articolo 2 del presente accordo nonché i diritti alle relative domande di brevetto appartengono in ugual misura alle parti salva diversa pattuizione fra le parti. I dati di sequenziamento relativi a ciascun paziente verranno trasferiti entro 30 giorni dal completamento delle analisi a server di proprietà del MEYER che ha la responsabilità della conservazione dei dati. Sono fatti salvi i diritti morali e patrimoniali delle persone che hanno svolto attività di ricerca secondo quanto previsto dalle vigenti disposizioni di legge.

Articolo 7 - Pubblicazioni

I materiali elaborati nell’ambito delle attività comuni, che possono costituire oggetto di pubblicazione, potranno essere utilizzati congiuntamente o disgiuntamente dalle parti. L’eventuale utilizzo disgiunto dovrà essere approvato dai responsabili scientifici.

Art. 8 - Brevettazione dei risultati

L'eventuale brevettazione dei risultati conseguiti in comune sarà oggetto di accordo tra le Parti, previamente sottoposto all'approvazione dei rispettivi Organi competenti; in tal caso, le eventuali pubblicazioni saranno da valutare in relazione all'espletamento delle procedure atte alla protezione brevettuale dei risultati.

Art. 9 - Utilizzazione del logo

L'eventuale utilizzazione del nome o del logo distintivo delle Parti e delle imprese/aziende coinvolte è consentita previa autorizzazione scritta del rispettivo titolare.

Art. 10 - Copertura assicurativa

Il MEYER e il Dipartimento garantiscono la copertura per il rischio infortuni (nei termini previsti dalle leggi e dai contratti collettivi, integrativi ed individuali) e per responsabilità civile verso terzi dei propri dipendenti impiegati nelle attività oggetto del presente accordo, indipendentemente dalla sede nella quale tali attività siano svolte.

Art. 11 - Obblighi previsti dalla normativa sulla sicurezza e la salute nei luoghi di lavoro

Il personale del MEYER e il personale del Dipartimento, che per le attività previste dal presente accordo si recherà presso la sede dell'altra parte, dovrà essere informato, da parte dei Responsabili Scientifici dell'attività di collaborazione, sui rischi generali e specifici per la salute e la sicurezza dei lavoratori presenti nel luogo di lavoro valutati ai sensi del D.Lgs. 81/2008, sulle misure di prevenzione e protezione in atto per eliminare o ridurre tali rischi, sui comportamenti da adottare per evitare pericoli per la propria salute e quella di altre persone e sulle procedure da seguire in caso di emergenza.

Art. 13 - Trattamento dei dati personali

Le parti si dichiarano consapevoli che i dati personali e/o sensibili che verranno trattati in ragione del presente accordo sono soggetti all'applicazione del "Codice in materia di protezione dei dati personali" di cui al D.Lgs. 196/2003 e dal Regolamento UE 2016/679.

Pertanto dichiarano di ottemperare agli obblighi previsti dal Codice e si impegnano ad organizzare i trattamenti nel rispetto delle disposizioni di legge, con particolare riferimento alle norme relative alla adozione delle misure di sicurezza.

Le parti si danno altresì reciprocamente atto di essere a conoscenza del fatto che i dati relativi al proprio Ente, utili ai fini di legge ed al fine di adempiere gli obblighi contenuti in questo accordo, verranno dall'altra parte conservati e utilizzati solo dopo autorizzazione del MEYER. Pertanto con la firma del presente documento, le parti intendono anche esprimere esplicitamente il proprio consenso ai trattamenti sopra descritti e nei limiti delle finalità sopraccitate.

Art. 14 - Risoluzione delle controversie

1. Il presente Accordo si intende perfezionato in Italia ed è sottoposto inderogabilmente alla legge ed alla giurisdizione italiana.

2. L'eventuale invalidità o inefficacia di singole clausole del presente Accordo, se derivante da norme imperative in vigore o sopravvenute, non produrrà l'invalidità o l'inefficacia dello stesso.

3. Le Parti si impegnano a sostituire quanto prima le clausole viziate con altre clausole valide ed efficaci e che abbiano un contenuto il più possibile idoneo a soddisfare la ratio e i concreti interessi sottoposti alle clausole sostituite.

Articolo 15 - Registrazione e bolli

La registrazione del presente accordo di intesa verrà effettuata solo in caso d’uso, ai sensi della vigente normativa. Tutte le relative spese, compreso il bollo, sono a carico della parte richiedente la registrazione.

Le spese di bollo del presente atto sono a carico del Meyer mediante apposizione di n. 2 marche da bollo da Euro 16,00 recanti i rispettivi identificativi e su apposito foglio conservato in originale agli atti della SOC Affari Generali e Xxxxxxxx xxx Xxxxx.

Articolo 16 - Norma finale

Per tutto quanto non espressamente previsto nel accordo si applica la normativa vigente, il regolamento amministrativo contabile dell’Ateneo e le norme in materia di istruzione universitaria.

Il presente atto è redatto in unico esemplare e sottoscritto con firma digitale.

Azienda Ospedaliero-Universitaria Xxxxx

Il Direttore Generale Dr. Xxxxxxx Xxxxxxxx

………………………………………………

Università degli Studi di Verona

Dipartimento di Biotecnologie La Direttrice

Prof.ssa Xxxxx Xxxxxxxx

…………………………………………..

PROGETTO DI RICERCA

“Ampliamento della casistica e delle analisi per l’individuazione e caratterizzazione di varianti patogenetiche in patologie di interesse neurologico”

Responsabili scientifici

- Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx, Professore Ordinario di Neuropsichiatria Infantile all’Università di Firenze, nonché Direttore del Centro di Eccellenza di Neuroscienze dell’AOU Meyer;

- Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx, Professore Ordinario per il settore scientifico disciplinare BIO/18, nonché Direttore del Centro di Genomica Funzionale.

Razionale

Le epilessie rappresentano patologie neurologiche croniche caratterizzate dalla ricorrenza di crisi e classificate in base alla tipologia di questi eventi, a specifici quadri elettroencefalografici, alle cause soggiacenti e ai sintomi associati. La loro prevalenza è di circa l’1% nella popolazione generale dei Paesi industrializzati, con stime che indicano come in Europa circa 6 milioni di persone abbiano un’epilessia in fase attiva (con crisi persistenti e/o tuttora in trattamento). In Italia la malattia interessa circa 500.000 persone, con un'incidenza nazionale di 30.000 nuovi casi per anno.

Sebbene sia noto il ruolo dell’interazione di fattori genetici e ambientali nell’insorgenza dell’epilessia, circa il 30% dei casi presenta una chiara base genetica (Heron et al. 2007), con insorgenza delle crisi conseguente ad un danno cerebrale strutturale di tipo malformativo o ad un’alterazione funzionale/metabolica dell’attività cerebrale.

Per alcune forme monogeniche con eredità mendeliana il difetto genetico è stato identificato [Xxxx et al. 2010]. La maggior parte delle epilessie non segue però un modello di eredità mendeliana semplice ed è possibile la compresenza di sindromi epilettiche diverse all’interno di uno stesso nucleo familiare. La variabilità fenotipica osservata in alcune famiglie è stata attribuita a ulteriori fattori genetici (geni modulatori) o a fattori ambientali che influenzano l’espressione del fenotipo.

Lo sviluppo di nuove strategie mirate alla comprensione delle basi genetiche dell’epilessia ha avuto un forte impatto sugli aspetti socioeconomici e sulla qualità di vita dei pazienti. La comprensione dei meccanismi molecolari alla base delle epilessie, costituisce infatti il primo passo per l’identificazione di potenziali nuovi approcci terapeutici. Tuttavia, malgrado i notevoli sforzi e i numerosi studi rivolti alla scoperta di geni e dei meccanismi neurobiologici epilettogeni, molti pazienti con epilessia restano senza diagnosi eziologica, anche a causa dell’estrema eterogeneità genetica di questa condizione (Mc Xxxxx. 2016).

Grazie all'utilizzo di metodiche di nuova generazione, che permettono di effettuare il sequenziamento massivo di DNA attraverso il Next-Generation-Sequencing (NGS), è possibile analizzare interi geni o l’intera porzione codificante del genoma (esoma) di pazienti con un quadro clinico complesso e senza precedente diagnosi molecolare. Questo comporta notevoli vantaggi sia sul piano della ricerca che su quello clinico, rendendo più facile l’individuazione di nuovi geni responsabili di tratti fenotipici, o l’ampliamento delle conoscenze su geni malattia già noti, e permettendo di orientare correttamente le strategie terapeutiche e aprire nuove prospettive di trattamento (Mei et al. 2017). Nel corso del 2018, l’azienda ospedaliera Xxxxx e il Dipartimento di Biotecnologie dell’Università di Verona hanno analizzato l’esoma di 288 soggetti affetti da sindromi neurologiche, e dei relativi genitori, utilizzando l’approccio NGS. Per 109 di questi casi, la valutazione dei risultati è stata completata, dimostrando che nel 50% dei pazienti questo approccio permette l’efficiente identificazione delle varianti causative della patologia. Tale valore si può considerare molto soddisfacente in quanto solitamente la frequenza di successo mediante l’analisi dell’esoma è di circa il 30% (Schwarze, Gen Med 2018), mentre raggiunge il 50% solo quando l’intero genoma viene analizzato. I geni identificati sono significativamente associati a processi molecolari riconducibili ad un ampio spettro di funzioni neuronali. In particolare 15 tra i 19 Go-term arricchiti sono attribuibili ad attività cognitive e sensoriali, quali “learning”, “behavior”, “memory”, “cognition” o dello sviluppo/attività del sistema nervoso come ad esempio “central nervous system development”, “synaptic signaling” e “chemical synaptic transmission”. Complessivamente tali risultati dimostrano la validità dell’approccio NGS per l’identificazione di varianti geniche causative in pazienti per cui le analisi tradizionali hanno fallito. Inoltre,

forniscono il razionale per ampliare la casistica dei pazienti presi in esame, sia per identificare i geni responsabili delle patologie neurologiche analizzate in ogni specifico caso, sia per rafforzare le evidenze di coinvolgimento dei pathway identificati. Solo due sono infatti i geni affetti ricorrenti mentre i processi molecolari identificati sono molteplici. D’altra parte si rende necessario lo sviluppo di approcci alternativi di

analisi per identificare le varianti geniche non ancora prese in esame, ma che potrebbero svelare la causa di malattia nel rimanente 50% dei casi, attualmente ancora privi di diagnosi molecolare. Mentre lo studio si è fin’ora concentrato su varianti a singolo nucleotide (SNV) o piccole inserzioni e delezioni (InDel), numerose evidenze dimostrano che le variazioni del numero di copie (CNV) o le varianti strutturali (SV) possono essere alla base sia di patologie congenite che di quelle complesse, quali l’epilessia (Xxxxxxx HC. Epilepsy Curr. 2015).

Ulteriori indagini genomiche sono quindi necessarie per ampliare le conoscenze sulle basi molecolari di queste forme di epilessia e per supportare futuri studi funzionali al fine di sviluppare nuove strategie terapeutiche che modulano i processi identificati.

Obiettivo del Progetto

Il progetto ha come obiettivo l’ampliamento della casistica e delle analisi condotte nel progetto precedentemente condotto. Il fine ultimo rimane l’identificazione delle cause genetiche nelle principali sindromi epilettiche e di malformazioni dello sviluppo cerebrale, mediante l’analisi dell’esoma di pazienti senza una diagnosi molecolare.

Programma della ricerca

Lo scopo principale della ricerca consiste nel riuscire ad identificare le alterazioni genetiche causative di epilessia in soggetti con fenotipo difficilmente correlabile a uno dei geni-epilessia conosciuti. Per questa tipologia di pazienti i test genetici, eseguiti mediante metodiche convenzionali, necessitano di un iter diagnostico particolarmente lungo poiché l’estrema eterogeneità genetica si traduce in una frequente sovrapposizione dei fenotipi clinici, limitando quindi il clinico, nella formulazione di un algoritmo diagnostico- molecolare specifico. Le nuove metodiche di NGS, in particolare il sequenziamento di pannelli di geni malattia-specifici, ha consentito un notevole risparmio di costi e di tempo di analisi. Una ulteriore espansione delle capacità diagnostiche della tecnologia NGS consiste nell’applicazione dell’analisi Whole Exome Sequencing (WES), che permette di sequenziare, in un singolo esperimento, tutte le regioni codificanti del genoma umano, pari a circa l’1-2% dello stesso.

Questo approccio permette anche di individuare nuovi geni responsabili di diverse forme di epilessia o di estendere le conoscenze sui geni malattia noti, la cui presentazione in alcuni pazienti può essere atipica, fuorviando la diagnosi clinica. La possibilità di effettuare una precoce e accurata diagnosi molecolare differenziale del tipo di epilessia risulta di cruciale importanza per pianificare un protocollo assistenziale individualizzato per il paziente e per i suoi familiari, facilitando l’accesso a trattamenti mirati.

I pazienti verranno selezionati all’interno della Clinica di Neurologia Pediatrica dell’Azienda Ospedaliera Universitaria Xxxxx, diretta dal Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx. I campioni di DNA verranno isolati da ciascun paziente e dai rispettivi genitori (trios) nel Laboratorio di Neurogenetica dell’Azienda Ospedaliera Universitaria Xxxxx. Il progetto prevede l’analisi di ulteriori 360 trios. I campioni verranno inviati al Dipartimento di Biotecnologie dell’Università degli Studi di Verona, presso il Laboratorio di Genomica Funzionale (LGF) diretto dal Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx. Il centro ne verificherà la qualità e le quantità, provvederà alla creazione di librerie per il sequenziamento e alla successiva cattura delle regioni esoniche mediante protocolli messi a punto presso l’LGF. I campioni così preparati verranno quindi sequenziati tramite la piattaforma Illumina con protocollo paired-end 2x150, con una copertura media attesa di circa 60X a campione.

Sui dati WES ottenuti varrà effettuata un’analisi bioinformatica primaria, mediante una pipeline messa a punto dall’LGF che consiste nell’allineamento al genoma di riferimento umano e nell’identificazione delle varianti a singolo nucleotide (SNVs) o piccole inserzioni/delezioni entro le 20 paia di basi (InDels). I dati così processati saranno poi trasferiti al Laboratorio di Neurogenetica che effettuerà l’analisi secondaria, la valutazione della patogenicità delle varianti in base alla segregazione ed al ruolo del gene alterato e, infine, la loro correlazione con il fenotipo del paziente.

Organizzazione del progetto

1) Identificazione e reclutamento di pazienti con varie forme di epilessia, mediante un’accurata valutazione delle caratteristiche cliniche, elettroencefalografiche (EEG), neuroradiologiche (RM) e neuropsicologiche a carico del gruppo del Xxxx. Xxxxxxxx, presso la Clinica Neurologica Pediatrica dell’AOU Xxxxx. Queste indagini vengono effettuate di routine per la valutazione clinica di pazienti con epilessia e forniscono un accurato strumento di diagnosi differenziale delle sindromi epilettiche.

2) Analisi dei geni per le epilessie mediante sequenziamento dell’esoma. Il Meyer invierà i campioni di DNA dei pazienti selezionati al Laboratorio di Genomica Funzionale (LGF) diretto dal Xxxx. Xxxxxxx Xxxxxxxxxx. L’ LGF ne verificherà la qualità e le quantità, provvederà alla creazione di librerie per il sequenziamento e alla successiva cattura delle porzioni codificanti del genoma mediante protocolli specifici messi a punto presso l’ LGF. L’LGF provvederà inoltre al sequenziamento con protocollo paired-end 2x150 bp.

3) Analisi statistica e elaborazione dati. I dati grezzi prodotti dal sequenziatore verranno inizialmente filtrati (per qualità) ed allineati al genoma di riferimento mediante il software BWA-mem, ottenendo un file in formato BAM utilizzato nelle procedure di analisi successive. Le varianti caratteristiche di ogni paziente verranno quindi identificate usando GATK, che valuta le differenze rispetto al genoma di riferimento. In questa fase cruciale dell’analisi, la pipeline bioinformatica implementata dal LGF è stata ottimizzata per valutare la qualità dell’allineamento e la copertura di ogni base, al fine di individuare potenziali errori di sequenziamento o allineamento. Al termine di questo processo, le varianti verranno riportate in un file VCF sul quale possono essere effettuate le indagini secondarie. Il file VCF e il file BAM di ciascun trio paziente/genitori verranno restituiti al Laboratorio di Neurogenetica dell’Ospedale Meyer per le analisi secondarie. Inoltre verrà fornito al Laboratorio, per ciascun trio, un file excel per ciascun modello di ereditarietà (dominante, recessivo, X-inked) ottenuto mediante analisi con il software VarSeq (Golden Helix).

4) Analisi secondaria delle varianti. L’analisi secondaria sui dati WES sarà effettuata dal Laboratorio di Neurogenetica che valuterà la patogenicità delle varianti stesse in base alla segregazione e al ruolo del gene alterato, e infine la loro eventuale correlazione con il fenotipo del paziente.

5) Analisi “Copy Number Variation”

Per quei pazienti in cui l’analisi standard non avrà identificato potenziali varianti causative o per cui le validazioni ortogonali non avranno confermato la loro presenza, si procederà ad un’ulteriore analisi dei dati generati. I casi verranno segnalati dal Meyer e LGF rielaborerà i dati WES prodotti al fine di identificare potenziali variazioni geniche in termini di numero di copie (“Copy Number Variation”, CNV). L’identificazione dalle variazioni in numero di copie avverrà attraverso una pipeline sviluppata dall’ LGF specificatamente per l’individuazione di differenze significative nella copertura delle regioni geniche studiate, comparando il genoma umano di riferimento con quello del campione in analisi.

Competenze dei collaboratori

L’Azienda Ospedaliera Universitaria Xxxx Xxxxx di Firenze costituisce il principale centro di riferimento dell’area fiorentina e toscana con competenze dedicate alla gestione e produzione di servizi sanitari rivolti al neonato, al bambino, all’adolescente e alle loro famiglie. L’Azienda adotta continuamente iniziative specifiche indirizzate alla promozione della salute qualificandosi come centro di didattica, formazione e ricerca scientifica, sviluppando collegamenti stretti con l’intero contesto sociale comprendente competenze sociali, politiche, economiche e di volontariato a livello regionale. Particolare attenzione viene da sempre rivolta alla ricerca di xxxxxxxx e collaborazioni in ambito clinico, assistenziale, di ricerca e di didattica con Ospedali caratterizzati da una specificità pediatrica sia nazionali che internazionali, per arricchire il capitale umano e professionale. Queste attività hanno il fine di migliorare l’offerta dei servizi per la salute, in un’ottica di continuo miglioramento dei prodotti e dei risultati. L’Azienda Meyer persegue la continua formazione degli operatori e la ricerca scientifica in ambito pediatrico, volta al continuo progresso delle risorse cliniche e biomediche e rende disponibile la propria offerta formativa e assistenziale ad altre aziende sanitarie e/o a soggetti del territorio.

L’attività della Clinica di Neurologia Pediatrica dell’Azienda Ospedaliera Universitaria Xxxxx, diretta dal Xxxx. Xxxxx Xxxxxxxx, è rivolta allo studio clinico e genetico dell’epilessia dell’infanzia, del deficit cognitivo e delle malformazioni cerebrali nel bambino. L'unità è un centro di riferimento di livello internazionale per queste patologie. Presso quest’ultima confluiscono non soltanto pazienti provenienti dal territorio limitrofo, ma anche pazienti provenienti dal contesto nazionale, europeo e internazionale. Le attività di ricerca clinica e genetica hanno contribuito alla definizione di una serie di malformazioni e sindromi epilettiche e hanno consentito di definire importanti correlazioni genotipo/fenotipo. Il personale del Laboratorio di Neurogenetica ha una notevole esperienza nello studio delle cause molecolari di epilessia e malformazioni cerebrali con 1200 campioni analizzati per anno, provenienti sia dalla Clinica di Neurologia Pediatrica che da altri enti (Parrini et al. 2017).

L’attività di ricerca viene perseguita in un contesto nazionale, grazie alla collaborazione fornita da diversi centri italiani di neurofisiopatologia e internazionale, mediante collaborazione con i principali centri specializzati per le epilessie e malformazioni corticali all’estero (Xxxxxx et al 2015; de Kovel et al 2016; Xx Xxxxxx et al. 2017; Xxxxx et al. 2017).

Il personale medico specializzato della Clinica Neurologica Pediatrica provvederà al reclutamento dei pazienti da inserire in questo studio. Per ciascun soggetto verrà richiesto il consenso informato e quindi verrà raccolto il materiale biologico necessario per gli studi genetici.

Il gruppo del Xxxx. Xxxxxxxxxx svolge attività di sequenziamento e caratterizzazione funzionale di esomi e genomi, implementando le più avanzate tecnologie di sequenziamento del DNA. Negli ultimi anni, le attività del gruppo si sono concentrate verso lo sviluppo di procedure ottimali per l’analisi dell’esoma e del genoma e per la loro interpretazione, in progetti con profilo traslazionale. L’utilizzo dell’NGS fin dai suoi esordi, è stato fondamentale per il coinvolgimento dell’LGF nell’ ”International Cancer Genome Consortium” come uno dei gruppi leader nello studio di tumori rari del pancreas (Xxxxxx et al., 2010). L’esperienza acquisita in questo contesto ha permesso successivamente di collaborare ad un grande numero di ricerche traslazionali sempre mediante l’implementazione delle analisi NGS in diversi campi della biologia e della medicina. In questo contesto ha anche sviluppato metodi bioinformatici per una più ampia caratterizzazione del genoma sia nei siti di rilevanza clinica che non.

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